6月20日から22日にかけて、懸念される新型コロナウイルス（Covid-19）変異株（VOC）が国内で新たに6件検出された。VOCの累計件数は173件。
6件のうち5件はベータ変異株（南アフリカ株、B.1.351）で、ペナン州で2件、サバ州、ケダ州、ペルリス州でそれぞれ1件が報告された。1件はデルタ変異株（インド株、B.1.617.2）で、ネグリ・センビラン州で報告された。
世界保健機関（WHO）の分類によると、変異株には、毒性・感染性が強いため警戒すべきVOC以外に警戒レベルが低い「注目すべき変異株（VOI）」が存在するが、現在までに国内で検出されたVOCとVOIの累積件数は合計189件。 このうちVOCが173件、VOIが16件だった。
変異株の流入を防ぐために政府は、入国者の標準作業手順（SOP）を強化した。出発日3日前と入国時のPCR検査を必須にし、インド、スリランカ、バングラデシュ、ネパール、パキスタンからの入国者の隔離期間を21日間に延長。その他の国からの入国者は隔離期間が14日間となる。いずれの場合も隔離期間の途中でPCR検査を行ない、その結果に基づいて隔離期間を延長するかどうかが決定される。
マレーシアでは、6月24日に新たに5,841人のコロナ感染者が報告され、累計感染者数は71万6,847人に達している。